信长见三木、有冈城陆续平定，乃传令佐久间信盛，强攻本愿寺，老幼不留。森兰丸闻讯，哭哭啼啼跑来了：「我不要任何赏赐了，只求主公恩准本愿寺投降，否则我的母亲就要自杀，那我也不活了!」
原来森兰丸之母乃是虔诚佛教徒，得知信长即将灭亡本愿寺，竟想以身殉教。信长见他如此伤心，有些不忍。光秀趁机劝道：「和本愿寺持续争斗，并非良策，应该劝降他们，再反过来利用本愿寺，压制一向宗的暴动兵。」
信长皱眉：「但显如固执不通，就算我想谈和，那秃驴会接受吗?」
光秀说：「我去请朝廷颁佈特赦令，对方既然是本愿寺法主，总不能违背天皇懿旨吧!何况本愿寺失去毛利与上杉做后盾，应该会接受合解。」
信长倒是爽快：「好，只要本愿寺放下武器，退离大阪，永不干政，便饶他们一命!」
本愿寺五大老收到令旨，聚在佛堂商议此事。下间赖廉说：「朝廷下达特赦令，要我们与信长讲和，同时退出本愿寺，不知法主意下如何?」
显如想起东面的石山御坊在柴田胜家进攻下，几近沦陷，不禁叹息：「谦信已死，海路补给线又被切断，看来不撤退是不成了!」
教如昂然喊道：「父亲、诸位，万万别丧气!我们怎能屈服在佛敌信长之下，这还有何面目面对天下人?」
显如说：「为了面子而继续毫无胜算的战争，最终仍会被消灭，还是放弃本愿寺吧!」教如说：「如果父亲想离开，那就离开，我会留下来和信长决一死战!」
显如撤离后，教如集结一向宗门徒，持续抵抗，苦撑四个月后，终于力不从心，撤往杂贺。随后，本愿寺在一场无名大火中化为灰烬，长达十年的石山战争，就此落幕。信长挟带胜利之威，令显如说降一向宗，奠定了一统天下的基础。
信长平定摄津后，召见群臣，眾人以为他要大赏功臣，喜孜孜前来会合，岂知信长郑重宣佈：「本愿寺的问题已经解决，现在该是明定赏罚的时候了。首先，我要通告几名罪臣，第一位是林秀贞，二十四年前，你曾经谋反，我宽容至今，已忍无可忍，决定将你放逐!」
林秀贞极力为自己辩解，惹得信长更加不高兴：「你虽是织田家老，却恃功而骄，办事不力，无法达成使命。饶你性命，已是宽宏大量，好好反省吧!」
柴田胜家见林秀贞伏罪，唯恐受到牵连。信长的眼神却掠过了他，停在佐久间身上：「接下来是佐久间信盛，你父子视财如命，只顾堆积金银，却不尽心办事，织田有这般无能之臣，还谈什么争霸天下?我这就将你流放高野山，出家为僧!」
信盛大声喊冤：「主公，在下一直尽心办事，未曾失误啊!」
「未曾失误?说的好听!我给你十年时间来証明自己的价值，但你对本愿寺围而不攻，还在大涂山走脱了敌军、三方原不战而逃、设乐原率先败走，这般窝囊，留你何用?你存下的金银，就用来招募士卒，充实军备吧!」安藤守就也因未有战功，同遭流放。唯独柴田胜家平定加贺有功，逃过一劫。
光秀在旁吓得冷汗直流：「信长击倒大敌后，便整肃家臣，莫非是兔死狗烹、鸟尽弓藏，那我的下场又是如何?」
信长环视眾将：「谁有怨言的，儘管向我挑战吧!只要谁有能力、有决心打倒我，我织田信长随时奉陪，光秀，要不要试一下?」
光秀惶恐讨饶：「主公，您别寻我开心了!」
信长扬起嘴角，微微一笑，让人捉摸不透。他整治完老臣，才封赏功臣，包括平定丹波、丹后的光秀，攻略但马、播磨的秀吉，收降摄津的池田恆兴，征服加贺一向宗的柴田胜家，皆得厚赏。眾将这才松了一口气，各自离开。
信长搭船往竹生岛散心，由于往返行程将近百里，侍女以为他会夜宿长滨，隔日才回程，乃相约前往桑实寺参拜。正当眾人玩乐一整天，准备打道回府时，却得知信长早已回城，急得不知所措。
原来信长并未夜宿长滨，反而抄水路而回，一路顺风，这才抢在天黑前回城。他发现内殿空无一人，大发雷霆：「我说过了，不论男女都要随时备战，岂能擅离职守!」将侍女及求情的住持全都处死，以正纪律。
信长见西国战线，除了毛利之外，尽数平定，乃巡游各地，整饰朝政。有一回，朝臣与御所武士相互诉讼，奉行所一时无法断定黑白，请求信长发落。信长认为朝臣有理，指示奉行所判其胜诉。武士心有不甘，找来信长的亲戚右马助帮忙，希望能逼迫奉行所改变结果。信长闻之大怒：「诉讼定案后，还想动用私情来颠倒是非，实在难以饶恕!」将武士以及右马助一併惩处。
信长又外出，偶然见一名姥姥在路旁悲叹，询问下才知村中里正将其祖產、田地佔为己有。信长查証属实后，要求里正归还田產。
再一日，信长在美浓、近江边境的深山猎鹰，巧遇一位名为「猿」的乞丐，信长见他生活凄苦，连遮风蔽雨的小屋都没有，询问百姓后，才知猿的祖先曾经杀害常盘御前(战神源义经之母)，导致子孙饱受轻蔑而沦为乞丐。信长认为祖先的恩怨，不该由后人承担。要求居民替猿搭建小屋，每半年供应他米麦粮食。
西元一五八○年，时年四十七岁的织田信长，彻底衝垮包围网，天下太平之日是否即将来临了呢?